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Linuxホスト上のタイマーを調べています。必要なのは、max-user-freqを1024にすることだということはわかりました。rootで実行します。
[Linux host] # echo 1024 >/proc/sys/dev/rtc/max-user-freq
これだけでも、時計が安定する場合もあります。もう少し調べてみます。