結局、いつも使っているWinXPの設定を変更して確認しました。
いろいろ調べた結果、SDL_VIDEODRIVER=windibとSDL_VIDEODRIVER=directxで挙動が違うことが確認できました。
右Altを押してみると、windibの時はleft ctrlのイベントがright altの前に入るんですよね。どうもAltGrキーというのは、無い場合に左Ctrl+左Altで代用するみたいです。でも、実際に生成されるイベントは左Ctrl+右Altで謎が残りますけど。
調べていく過程で、SDLをSDL_VIDEODRIVER=dirextxにすると、右Altキーを押したときにleft ctrlのスキャンコードが送られてこないことがわかりました。
left ctrlのコードが悪さをしているみたいなので、削除すればよさそうなのですけど、実際に試してもらうしか確認はできないと思います。メーリングリストに聞いてみるしかないけれど、調べてくれる人がいるかどうか。
聞いてみたら、答えてくれました。なんか、フランス語も問題みたいです。left ctrlを消すことで直るかどうか。