ここにあるNoConsoleというユーティリティを使うと、Windowsプログラムからコンソールを取り除くことができます。
http://dliboon.freeshell.org/?view=programming.bcx
DOS> noconsole qemu.exe
とやって、実行ファイルにパッチを当てます。バッチファイル内では、
start qemu.exe [options]
とします。
やっぱり、コンソールは邪魔に感じますかね。開発者の人が、QEMUはまだコンソールプログラムでGUIを持ったWindowsプログラムじゃないからといって、コンソール付のプログラムになっているのですけど。実は自分もあまりかっこよくないなと思っていたりします。少し手間はかかりますが、自分で変更してみてください。