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ソースコードから、デバッグバージョンを作ります。
kmk BUILD_TYPE=debug
実行ファイルは、outwin.x86debugbinにできます。
Windowsホストだと、VisualStudio用のプロジェクトを作っているわけではないので、実行ファイルを指定してデバッグする必要があります。次のところにやり方が書いてあります。
http://msdn2.microsoft.com/ja-jp/library/0bxe8ytt(vs.80).aspx
その後、プロジェクトのプロパティでコマンド引数を設定してデバッグ開始をすれば良いです。
実際にデバッガ上で動かしてみると、ステップ実行すると画面がフリーズしてしまうことが問題でした。ブレークポイントを指定しての実行はできるみたいです。
また、ソースコードをプロジェクトに登録しないと、ソースコード内の検索ができないことが不便かなと思います。