インテルがアルテラを買収しましたが、FPGAをXeonに載せる詳細が紹介されています。
インテル、ISCA 2015でXeon＋FPGAの詳細を公開
まずはOpenCLをFPGAで使う方法が考えられています。
そのほかに、ディープラーニングとかネットワークのOpen vSwitchのオフロード、金融機関のHigh Frequency Trading Acceleratorとか。
基本的にどんなプログラムでも回路に直せば使えると思いますけどね。
2016年に出荷が予定されているそうですから、楽しみに待ちましょう。