RTCのタイマーは、PICに割り込み終了の合図を送ることで動くようになりました。
ところが、Win2kは起動時にこそRTCを見に行くのですが、その後ぜんぜんアクセスしていないことが判明。x86_64 Linuxホストで、Win2kの時計が不安定な理由がRTCではないかと思ったのですが、徒労に終わった。せっかく作ったんですけどね。
その代わり、Win2kゲスト上でインターネットエクスプローラを立ち上げると、PITにアクセスしていることが判明。何をしているのかわからないけど。
それと、timeoutを0にすると、時計が2倍くらい速くなることが判明。割り込みも速くなっています。バグがうまく再現できているみたい。x86_64 Linuxホストでの時計の不安定さは何とかできそうな気がする。気のせいかも。