時計が不安定な理由がわかりました。cpuspeedサービスというCPUの周波数を変更するサービスが私のx86_64ホストでは動いて、それで時計が安定しなかったのでした。サービスを停止したら、時計がちゃんと動きました。
今まで、こんなサービスが動いているなんて知らなかった。Fedora Coreも、何もしなくてもSpeedStep/PowerNow!で省電力が有効になるところまで整備されてきたんですね。
Linuxホストでの、時計を正確にする方法をまとめると、
(1)max-user-freqを1024にすること。
(2)cpuspeedサービスを止めること。
でした。